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上海市同濟醫院:全院一體化科研平臺及專病庫應用

作者:上海市同濟醫院 發布時間:2021-10-28
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2021年醫院新興技術創新應用典型案例征集活動共選出21篇典型案例,在CHIMA 2021大會上對獲選案例進行了頒獎。




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建設背景



國家高度重視醫療大數據的分析和利用,已經出臺眾多政策鼓勵醫院和企業進行相關方面的應用和探索。如,在2016年10月中共中央、國務院印發的《“健康中國2030”規劃綱要》中指出:要加強精準醫學、智慧醫療等關鍵技術突破,并倡導加強醫療大數據的數據挖掘和廣泛應用,為醫療人工智能的發展指明了方向。2017年7月國務院印發《新一代人工智能發展規劃》中指出:將醫療行業作為人工智能重點發展領域之一,提出探索智慧醫院建設及研發人機協同臨床智能診療方案,以及加強群體智能健康管理,強調數據挖掘、輔助診療、患者管理的人工智能產品在醫院落地,以助推精準醫學和智慧醫院發展。2018年4月國家衛生健康委印發的《全國醫院信息化建設標準與規范(試行)》中指出:要利用人工智能、大數據平臺等先進技術進行臨床醫療數據的處理與研究,實現醫療數據來源于患者,服務于患者。


同時,近年來,國內醫院逐步意識到醫療大數據的重要性及潛在價值,多家醫院已建設醫療大數據平臺。但在探索的過程中,存在眾多問題,導致缺乏醫療大數據的臨床研究結果產出。這些問題主要有:①平臺雖然做到了臨床數據的整合,但沒有從臨床研究的角度對數據進行治理;②專病大數據的采集范圍局限于院內部分信息系統,缺少對患者的全病程數據的采集;③平臺缺乏頂層設計,以至于缺乏數據權限配置、管理等設計,產生數據濫用等管理問題。


2
建設目標



本項目通過建設基于人工智能的全院級科研一體化平臺,對醫院臨床病歷數據進行結構化、標準化的整合治理,面向醫院重點??铺峁┡R床科研數據采集和分析服務,滿足不同臨床醫生不同的科研訴求。具體建設目標包括:


(1)對醫院原有臨床業務系統中海量的結構化、非結構化數據進行整合治理,構建符合科研維度、高質量的??频膯尾》N數據庫。臨床數據中臨床科研信息豐富,但病歷文本中醫生書寫語言的模糊性和隨意性以及語法、語義結構的多樣性,給臨床科研目標變量的提取帶來困難。本項目需有效解決院內醫療數據(特別是積壓的歷史數據)的非結構化和非標準化問題,滿足科研需求。


(2)加強科研數據采集與檢索,滿足不同醫生的臨床科研個性化需求。支持普通醫生等科研人員通過多維度科研變量來檢索臨床歷史數據進行簡單的回顧性研究。也滿足高水平醫生通過自定義eCRF系統自動采集臨床科研數據,實現前瞻性科研的需要。結合科研隨訪系統,可采集患者報告結局,豐富單病種數據庫。采集到的科研數據能直接導出支持SAS/SPSS等第三方統計軟件使用。


(3)提高科研數據的統計分析功能,需要嵌套醫學統計中絕大多數的統計方法,能夠依據數據類型自動選擇最合適的統計方法,并且自動生成統計報告。其中統計報告包含標準三線表、統計結果描述、統計圖形等。


3
核心技術



該平臺的核心技術是臨床數據治理引擎。它基于先進的自然語言處理、知識圖譜等AI引擎,實現各類臨床數據的結構化、標準化和歸一化等處理。針對數據驅動的臨床研究場景,能夠將醫院積存的海量臨床數據自動結構化、標準化成可被臨床研究直接分析、利用的科研數據。


引擎基于通用數據模型及各類型專病數據模型對臨床文本數據做顆粒化、后結構化處理,運用人工智能結合醫學知識圖譜自動轉化非結構化文本數據,以滿足回顧性查詢所需的數據細化程度。同時針對提取出的醫學信息,結合醫學知識圖譜自動完成數據的標準化,進一步提升數據的可用性、可交互性。             

圖1 臨床數據治理

圖2 體檢檢查結構化


圖3 醫學知識圖譜


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臨床科研平臺應用



(1)智能科研檢索


臨床科研中的一個重要步驟,即對大量的患者進行有效的檢索篩選,以定位其中符合特定臨床研究所需的患者。這個過程通常而言需要科研人員對大量的病歷進行閱讀與篩選,耗費大量的時間精力,并且極易出現信息的遺漏。智能科研檢索將基于數據治理的成果,對病人進行精準的、細顆粒度的建模,從而快速定位和篩選滿足特定條件的病人。

圖4 智能搜索條件設置

圖5 智能檢索結果展示


(2)科研隊列發現


科研隊列發現管理有三個主要功能,分別為新建隊列、韋恩圖及訂閱管理。科研隊列發現管理方便醫生針對項目設計所需的隊列,從而進行隊列研究。

圖6 科研隊列發現管理

圖7 基于韋恩圖構建新隊列


(3)患者360科研視圖


由于醫院信息系統的復雜性和多樣性,各系統間數據分散,標準不一致,難以實現交換和共享。各種臨床數據分散在各個業務系統,比如病歷數據在電子病歷系統、檢驗數據存在LIS系統中,無法實現分散數據資料的互通互聯集成和有效利用。為解決各信息系統之間的數據孤島,實現系統之間的互聯互通數據集成整合,便于臨床數據分析并進行深度挖掘,患者360科研視圖實現患者診療活動的全程歷史記錄的多視角瀏覽界面。目標是將醫生關注的臨床信息以患者為中心進行全方位的展現,包括門急診、住院、體檢的患者基本信息、就診記錄、診斷記錄、電子病歷、各種檢查檢驗報告等所有臨床信息,為醫務人員的臨床科研提供全面數據支持。

圖8 患者360科研視圖界面


(4)科研數據采集


1)CRF自動填充


針對臨床科研課題組關注的數據項,提供臨床科研表單的自動內容錄入工具,用戶可使用電子CRF工具填寫課題需要的統計資料;CRF表單錄入完成之后,用戶可自行選擇需要的數據導出到專業的統計工具中做更深入地分析。幫助醫院快速便捷地完成大量勞動重復工作。


支持通過CRF編輯器方便制作各類CRF表單,包含基本控件如文本、選擇框、日期、數據等,和基本模板、歷史項目等三種創建模式,并可配置基本的校驗邏輯及跳轉邏輯。CRF錄入界面滿足人性化數據錄入,分模塊分表單呈現,能快速匹配病歷資料、報告文本、檢驗檢查等數據點,并自動完成填寫CRF表單;支持WEB/移動端同步錄入,滿足多種數據格式和邏輯跳轉,讓數據收集更高效智能。

圖9 表單自動填寫


2)科研數據導出


科研平臺的數據可以以Excel、CSV、SAS、SPSS、CDISC等多種數據格式的導出,兼容常用的統計軟件,并支持國際上臨床試驗的CDISC常用標準。用戶可以自定義篩選所需的變量和配置過濾條件,導出過程中可進行數據分析、校驗。

圖10 導出變量選擇

圖11 導出格式選擇


圖12 以表格形式進行導出


3)數據質量核查


平臺提供系統+人工數據雙重核查方式,來完成對數據質量的控制。在此基礎上,另提供三級數據質疑管理,使管理者能對疑義數據發起質疑,提示錄入員進行數據的核查與修改;并保留數據稽查及修改軌跡,保證數據可溯源。另提供數據資產管理功能,用戶對專病庫內數據的所有操作(修改、讀取、調用、導出等)均留有記錄,清晰可溯源,方便管理。

圖13 對可以數據進行質疑


(5)科研統計


以往的科研統計分析過程中,醫生需要從龐大、結構復雜的HIS系統或者其他數據系統中篩選研究相關數據,之后進行大量的人工數據清洗以及分析型變量的衍生工作,最后利用SPSS或SAS進行統計分析。其中數據篩選和人工清洗過程中可能存在較高錯誤率,導致最后研究結論不可靠。同時醫學科研中普遍存在統計方法選擇錯誤的現象。除此之外,醫生對于機器學習相關應用的需求也越發強烈。數據探查統計平臺包括自定義查詢、數據清洗與智能統計分析三大模塊。

圖14 科研數據探查統計平臺

圖15 智能統計分析表


(6)科研駕駛艙


項目管理者可使用科研駕駛艙對整個醫院的科研項目進行綜合查看??蒲旭{駛艙接受各系統傳入的數據,對它們進行整合加工,并以可視化的形式展現,提供直觀的支持科研決策的信息。

圖16 科研駕駛艙


(7)科研隨訪


隨訪管理。隨訪管理以科研項目的數據收集為目的,個性化配置隨訪表單和方案,實現智能化的隨訪提醒和標準化數據采集。

圖17 設置隨訪事件矩陣

圖18 患者隨訪管理


(8)數據安全權限管理


數據安全隱私管理包括數據權限控制、數據去隱私化、數據解密等。該方案涉及的所有臨床數據均存儲在醫院的核心機房內,接受統一監管。在面向臨床研究和患者服務方面均遵循醫療行業的倫理規范和信息安全等級保護規范,僅提供業務所需最小數據集,同時進行訪問審計。例如在臨床研究場景中,對于一類患者信息(姓名、家庭地址、身份證)進行加密,避免患者隱私泄露。

圖19 安全管理與權限設置


系統管理模塊有用戶權限管理、病歷匿名化等數據訪問安全管理等功能:


  • 權限賦予:添加新用戶,并根據新用戶身份對其賦予不同的權限,包括管理員、一般用戶、隨訪角色、科研角色等。對已有角色進行編輯、刪除以及角色權限變更;

  • 權限配置:不同的數據權限擁有不同的數據瀏覽與檢索權限:包括全院層級數據、科室層級數據、所在醫療組層級數據的瀏覽與檢索;

  • 病歷匿名化管理:對于病歷進行匿名化處理,保護患者隱私與信息安全。開啟病歷匿名化后,可選擇對患者的姓名、手機號、身份證、電話號碼等隱私信息進行隱藏。


5
專病庫應用



在繁雜的臨床數據中提取特定病種的科研數據集,首先需要制定面向特定病種的專用數據模型。針對項目所涉及的病種,依據當前醫院所有的專病數據情況及研究方向,搜集國內外相關疾病數據模型以及單病種數據標準進行整理薈萃用以參考借鑒,進一步完善病種數據模型,構建符合實際研究需要的專病數據集。


在構建專病數據模型時,我們首先定義了專病通用標準數據集。專病數據集標準定義了病例所包含的各類信息,如:患者基本信息、就診記錄、癥狀、診斷、實驗室檢查、藥物治療、手術記錄、病理記錄、影像學檢查、內鏡檢查、既往病史、個人史、嗜好品信息、月經、婚育史、家族史、體格檢查、生命體征、專科檢查、護理記錄信息,為單病種數據模型的構建提供標準化數據基礎。


通過搜集、整合各種國內外專病的數據標準,并針對醫院專科病歷進行模型微調,最終形成適合醫院特定??频膶2祿藴始?,從而構建高質量專病數據庫。


(1)專病庫概況


專病庫建設概覽,通過對數據集成、變量加工方式和結果展示,展現高質量的專病數據庫概況。


第一,支持展示專病庫概況,包括專病庫的累計納入的患者和病歷數,以及治理變量總數;


第二,支持展示??撇》N條圖,顯示專病數據庫里診斷歸一名稱及相應入庫患者數量,并以可視圖展示;


第三,支持展示專病數據集治理過程中具有代表性的變量狀況;


第四,支持用戶針對專病庫中已配置的單一變量選擇可視化展示。

圖20 專病庫概覽


(2)專病數據庫設置


1)數據庫管理通過專病庫設置功能對專病庫相關信息進行設置,包括專病庫名稱、所屬領域、項目標簽的設置;


2)支持角色與權限管理,新增和管理專病庫的角色。對各用戶角色的權限按照系統功能進行配置管理,包括主要研究者、協助研究、錄入員、賬號管理員;

圖21 數據庫管理


3)支持成員管理,添加和管理專病庫的成員。支持符合專病庫入庫條件的新患者自動加入專病庫,支持在數據集設計階段確認專病數據庫的入排條件,實現專病庫上線后符合條件的患者自動加入專病庫。


(3)專病科研項目


專病項目可進行科研項目設置以及數據質疑設置,支持專病項目數據庫導出與數據探索。


1)支持項目內角色與權限管理,新增和管理專病項目角色;


2)支持專病庫數據集中已有數據自動填充至專病項目中;

圖22 結構化數據截圖


3)支持手動錄入和修改數據,并保留數據提交、修改的稽查軌跡;


4)支持數據核查與質疑;滿足系統核查、人工核查兩種核查方式。提供數據質疑管理,包括查看、回復、關閉、重啟、導出質疑,不同角色擁有不同權限;


5)支持專病項目通過數據探索進行導出,并支持展示數據導出的操作日志;數據探索支持變量選擇,字段搜索,支持多變量互斥邏輯判定;創建、刪除、修改數據查詢;對查詢數據進行簡單與高級篩選;對查詢數據進行數據診斷;查詢結果與全部數據導出,導出格式為Excel/CSV/SPSS/SAS;


6)支持專病項目的數據清洗,提供變量分級、類別轉變量、記錄合并、多選轉單選、缺失值填補、剔除文本、記錄替換、變量拆分的清洗工具;

圖23 數據清洗界面


7)支持專病項目的數據統計分析:提供描述性分析、差異性分析的個性化統計分析,可視化并導出相應統計分析結果;

圖24 數據統計分析新建任務界面


8)支持統計分析預測模型,包括隨機森林、線性回歸、Logistic預測模型。


6
數據安全性



(1)系統院內部署


科研平臺及專病庫部署于醫院內部服務器中,與外界網絡不直接互通,可有效保障院內數據不外流。所有的院內數據均存儲在醫院的核心機房內,接受統一監管。


(2)獨立部署系統


科研平臺及專病庫獨立部署于醫院內部,不和醫院其他系統嵌合,同時使用數據庫復制技術對生產系統數據庫業務數據表進行復制,在建立的復制庫上進行數據抽取和治理,保證對生成系統數據庫性能無影響,不會影響醫院業務系統的正常運營。


(3)用戶權限管理和患者隱私保護


科研平臺及專病庫內對患者的隱私保護有多個維度措施,在存放個人信息時,采用加密技術對個人信息字段進行,例如:姓名、家庭地址、身份證等。在展示界面中對于敏感數據的相對于字段采用數據脫敏技術,例如變形處理。并限制用戶的查詢權限,最小夠用原則,后臺進行訪問審計。


7
應用實踐效果



(1)建立醫院高質量數據資產


以疾病為單元,構建覆蓋患者全病程數據的科研數據庫,通過自然語言處理、機器學習等技術使多源異構的臨床數據變成滿足臨床研究細粒度要求、可直接用于臨床研究統計分析使用的結構化、標準化的高質量數據,為醫院實現數據應用奠定堅實的研究級數據基礎。


本平臺完成全院2009年至2020年9月全量超700W+電子病歷數據,診斷標準化分類重構,包含:


  • 74個申請單分類

  • 1479個申請單

  • 1092個檢驗指標

  • 5.5億條檢驗明細數據

圖25 診斷標準化分類重構截圖


(2)構建智能化臨床研究分析平臺


臨床研究平臺融合人工智能技術,實現復雜的患者檢索、靈活的項目管理、全面的數據質量管控、自動化數據清洗、高效的數據分析挖掘等功能,輔助醫生提高科研效率,降低臨床研究門檻,提升科研積極性。

圖26 臨床科研平臺上線截圖


圖27 智能隨訪上線截圖


(3)推動臨床科室向“研究型”學科發展


通過為科室建設專病數據庫,積累科室豐富的專病數據,為科室進行臨床研究思路的探尋和專病多中心研究的開展提供高效的工具,加速科室研究型人才培養,促進科室學科發展,推進科室建成為一流研究型科室。

圖28 專病庫制作截圖


(4)助力醫院成為國內數據驅動型醫院


通過歷史電子醫療數據和實時醫療數據的集成與治理,建設醫院特色的高質量專病數據資產庫,依托大數據平臺,充分挖掘醫院醫療大數據,構建“臨床行為產生數據,洞察數據輔助決策,反饋臨床行為”的數據驅動閉環流程,從而以數據的角度提高醫院臨床治療效果與臨床質量。


圖29 全院培訓現場




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